Kegiatan Prakerin adalah kegiatan yang harus ditempuh oleh semau siswa-siswa SMK N 4 Purworejo, Termasuk siswa dari kompetensi keahlian Nautika Kapal Penangkap Ikan. Untuk Tahun Pelajaran 2012 - 2013, Prakerin dilaksanakan di tingkat 2 semester 4 di bulan januari samapi April (4 bulan) untuk Kompetensi Keahlian NKPI dan TKPI, sedangkan untuk Kompetensi Keahlian TKR dan Api waktunya adalah 3 bulan.
Salah tempat Prakerin yang di menjadi tujuan Prakerin siswa Nautika adalah Pelabuhan Benoa Bali. Di sana siswa prakerin akan ditempatkan pada kapal-kapal longline mau[pun kolekting.